Однажды я заметил на своем виртуальном выделенном сервере сообщения о проблемах mysql. Несколько таблиц из одной базы данных были помечены как сбойные. Как раз перед этим был сбой, вызванный некорректным обновлением одного из самописных сервисов и сервер был жестко перезагружен.
Так что, я решил что нужно провести комплексную проверку баз mysql. Баз было около 30 штук, в основном wordpress, несколько форумов, yii-приложений и парочка магазинов.
Недолгий поиск принес новые знания, которыми я и хочу поделиться:
mysqlcheck -u root -p --auto-repair --check --optimize --all-databases
В моем случае я не делал измерений скорости работы до и после оптимизации, но думаю, что на объемных таблицах и базах данных разница может быть существенна.